Omicron變種病毒懶人包傳染力重症疫苗有效性要打加強針嗎？

林氏璧

3 年前

好的，又來了一個新冠變種病毒魔王Omicron。不過這次好像不是狼來了，這隻B.1.1.529變異株可能是玩真的。11月12日才剛剛被南非偵測，短短兩週的時間，在南非的初步發現已經讓WHO在26日開會決定將B.1.1.529界定為高關注變異株（Variants of Concern, VOC），命名為Omicron，加入了Alpha、Beta、Gamma和Delta變異株的行列。這篇會幫大家一直更新關於Omicron變異株的消息！

新冠病毒是RNA病毒，複製時比較不穩定因此會不斷產生突變。從2019年12月現世以來，這個病毒已經歷經了多次突變而產生變異株。新冠病毒不變種才是新聞。重點是哪個變異株才是真正有意義的？是否傳染力較高會取代原本的病毒株，是否會影響到疫苗，抗病毒藥物乃至是單株抗體藥物的效力，或是PCR和快篩等診斷工具的正確性？重症比例會不會較高？以上這些問題都不是馬上就會有答案的。大家看新聞的時候要有這樣識讀的能力。Omicron到底是否對疫苗會有比較大的免疫逃脫，我們需要2~3週才會知道答案。就算很不幸疫苗失效了，mRNA疫苗也可以很快地做出新疫苗。輝瑞/BNT和莫德納疫苗六週的時間就可以改mRNA做出新疫苗。

懶人包整理在最前面（2022.1.30更新，本文為感染科專科醫師所整理）：
1.Omicron變異株為何讓科學家特別擔心？
此變異株的棘蛋白（S蛋白）上有32個突變，集先前各種變異株的突變特徵於一身，包括與病毒進入細胞，免疫逃脫或是感染力增加等等有關的突變。

2.Omicron傳播力比Delta更強嗎？為何你說這個魔王可能是玩真的？
之前的幾個假魔王（比方Delta plus，Mu，C1.2.）都沒有辦法對Delta造成太大的威脅。但Omicron新變異株最早在南非及波札那發現，從2021年11月只花了兩週其病例數在南非東北的豪登省快速攀升，取代原本流行的Delta變異株，預估可能成為下一波南非主流病毒株，WHO判斷已經符合了高關注變異株（Variants of Concern, VOC）其中一個定義：新冠的流行病學上產生了不利的改變，因此在11月26日短短14天就決定將B.1.1.529界定為高關注變異株，命名為Omicron。這是第五株VOC，加入了Alpha、Beta、Gamma和Delta變異株的行列。之前的假魔王，沒有一個被界定為VOC。

此後的發展也證明了這個魔王是玩真的，他的確只花了不到兩個月，就已經取代Delta成了全世界的主流流行株。英國衛生安全局估計其本身的傳播力至少和Delta相當或是更高。DeltaR0值可能落在5~8，Omicron則可能落在8~10之間。

3.Omicron的臨床表現如何？
香港大學研究，比起原始株與Delta，Omicron感染支氣管組織24小時後的病毒複製量多了70倍，但Omicron感染肺部組織後的複製速度慢了10倍。這可能可以解釋Omicron症狀多為輕症侷限在上呼吸道，傳染力強，但較少到下呼吸道肺部造成重症。不同的團隊動物實驗數據也都發現Omicron的感染大多侷限於鼻腔、喉嚨、氣管等上呼吸道，對肺部的侵害減低，有別於先前的突變株。

因此目前看來臨床表現上，Omicron以上呼吸道的症狀為主。根據英國87,920例Delta，還有182,133例Omicron的資料，相比於Delta，Omicron較少的人嗅味覺異常（34%和13%），更多人有喉嚨痛（34%和53%）。和重症比較相關的意識改變，喘不過氣也比Delta為少。

台灣自己的資料，到1月28日前本土Omicron案例已達391例。無症狀者比率占41%、輕症者占59%，完全沒有中重症。年齡分布以20歲到50歲為最多。但因為以年輕族群居多，60歲以上年長者僅佔46人(11.8% )，如此小的樣本要說Omicron都不會重症，不能這麼輕率的下此結論。在有症狀的229人中，以喉嚨痛（51％）、咳嗽（48％）、發燒（29％）、流鼻水或鼻塞（26％）、頭痛（10％）為前五名最常見的表現。這和英國ZOE APP研究中的前幾名比較一下：流鼻水（73％）、頭痛（68％）、疲勞（64％）、打噴嚏（60％）、喉嚨痛（60％）、咳嗽（44％）、發燒（29％），可見喉嚨痛和咳嗽都很多，也都有近三成會發燒，但流鼻水和頭痛就沒有英國人多。

值得一提的是，嗅味覺異常迄今只有2人僅0.9%！這在ZOE中還有佔19%。是否有人種上的差異？這很有趣。羅副也提醒民眾跟臨床醫師，嗅味覺異常在Omicron是相對少見的症狀，不能純粹以有無嗅味覺異常來判斷是不是新冠感染。

更多Omicron的症狀請見此文
Omicron的症狀和感冒流感無法區分？還會嗅味覺異常嗎？

4.Omicron會不會更容易重症？它已經輕症化了嗎？
南非，英格蘭，蘇格蘭的資料皆顯示得到Omicron後相比於Delta期住院或重症的比例都有不同程度的下降。這背後的原因應該包括了之前自然感染過或是打過疫苗的效應，不過目前多方資料都顯示Omicron的致病性可能真的較低。除了前述的實驗室數據，臨床上的資料也顯示如此。南非豪登省研究，比較Beta，Delta和Omicron三波，住院，需要氧氣，重症還有死亡的比率，Omicron都比前兩者比例低甚多。英國三個不同單位的研究，顯示相比於Delta，其住院的機率可降低40~66%之間。英國劍橋大學和UKHSA合作的研究顯示相對於Delta，在校正過風險因子還有打疫苗和自然感染狀態之後，Omicron到急診的風險減少約一半，後續住院的風險減少約三分之二。

雖然Omicron變得比較有傳染力，但疾病的嚴重度若是會變輕的話，這反而是這個病毒往輕症化，流感化的方向走。但要提醒的是，它沒有完全弱化，特別是在沒打疫苗的人，Omicron還是會造成重症和死亡的。傳染力高而一下出現太多案例的話，雖重症比例有降低，但還是會有一定量的重症和死亡發生。

致死率方面，英國到1月16日前4週初步估計共有318萬人確診，4739人死亡。致死率是0.15%。如同我們一直觀察到的，隨年齡而上升，60歲以下僅有0.023%。到60歲以上，則會跳到1.06%。不要再說Omicron只是小感冒不會死人了….

更多分年齡致死率資料請見此文
英國Omicron致死率打疫苗對於防止重症死亡非常有效兩劑很好三劑更好

5.新冠疫苗對Omicron還有用嗎？
Omicron變種株有到目前為止最嚴重的免疫逃逸，因此不管是之前得過自然感染或是打過疫苗，都較容易發生再次感染或是突破性感染。這可以解釋為何施打疫苗覆蓋率很高的國家，Omicron還是照樣會爆發流行。現有的疫苗對Omicron只打兩劑是不夠的，比起對於野生型，中和抗體會下降約20~40倍不等。好消息是打了mRNA的第三劑加強針後對有症狀的保護力會到50~75%，但隨時間過去保護力也會下降。

英國衛生安全局資料顯示兩針（不分疫苗廠牌）對於住院的保護力在2~24週是64%，25週之後會掉到44%。三針後保護力則會增加到92%，5~9週保護力是88%，10週之後是83%。因此目前各國都在努力施打第三針加強劑，特別是針對重症高風險族群。

致死率方面，單獨看60歲以上，有37萬人確診， 4822人死亡。

其中完全沒打疫苗者有11448人，866人死亡，致死率7.6％。
打完2劑者35053人，1708人死亡，致死率4.9％。
打完3劑者29萬7017人，2041人死亡，致死率0.69％。
打完3劑和完全沒打者，兩者致死率相差11倍。

各藥廠目前在朝向針對Omicron的次世代疫苗而努力。mRNA疫苗技術平台可以很快地做出新疫苗。輝瑞/BNT和莫德納疫苗六週的時間就可以改變mRNA序列做出新疫苗，輝瑞聲稱可以在100天內開始出貨。

疫苗有沒有效整理在此篇
Omicron疫苗的保護力為何兩劑AZ白打了嗎？BNT 莫德納有效嗎？
英國Omicron致死率打疫苗對於防止重症死亡非常有效兩劑很好三劑更好

6.單株抗體，口服藥對Omicron還有用嗎？
Omicron變異株在單株抗體所作用的受體結合區域（Receptor-binding domain; RBD）上有很多個突變。因此單株抗體目前研究顯示的確效用會降低。台灣目前購買的兩種單株抗體可能都沒什麼效果，可能要等待研發新的針對Omicron的單株抗體才會比較有效。

單株抗體易受影響，也讓近來獲得緊急授權使用的新冠口服藥物受到更大的關注。口服藥因為其作用機轉和疫苗完全不同，不是作用在棘狀蛋白上，因此初步實驗室資料顯示是不太受影響的，對抗Omicron還是有效。針對早期輕、中度患者的居家口服藥，被視為終結對新冠病毒恐懼的重要關鍵，成為疫苗之後的另一個需要超前部屬的場域。美國FDA分別於12月22日和23日批准輝瑞還有默克生產的新冠口服抗病毒藥物，但這都要經過醫師處方才能使用。

輝瑞的PAXLOVID是蛋白酶抑制劑的組合，一個劑量包含了兩顆新藥nirmatrelvir還有一顆老藥抗愛滋藥物低劑量ritonavir。加入Ritonavir的目的不是抗病毒效果，而是減緩新藥代謝的速度，從而增加新藥濃度。這是在抗愛滋藥物中已經經過長期使用的做法。默克的口服藥Molnupiravir莫納皮拉韋則是一種核苷類似物，能夠使病毒複製錯誤，以至病毒無法再繁殖。

這兩個藥物抗病毒機轉不同，一個出現抗藥性另外一個還可以用。兩者都要在症狀開始5天內服用，臨床試驗顯示在高風險重症因子患者在服用後，住院和死亡情形可分別減少88%和30%。FDA強調，口服藥應該作為輔助，而非取代疫苗，疫苗仍是抗疫的首要手段。

7.各國如何因應？國際交流又會就此停止嗎？
一開始以入境限制為主，比方說英國開第一槍禁航。美國11月29日起限制南非等8國旅客入境，並呼籲民眾盡快施打疫苗追加劑。歐盟建議對非洲南部7國人士實施旅行限制，日本強化對非洲南部9國入境管制，相關人士須在指定場所隔離10天等等。但這只是搶時間的手段，後來隨著各國也陸續進入了本土感染，逐漸變成收緊國內的防疫手段，邊境便沒有這麼重要。比方說英國在12月中社區中Omicron已經取代Delta成為了主流病毒株，因此就取消了邊境收緊的規定。

南非衛生部批評各國的管制措施太過嚴苛、不科學且違反WHO建議。這很似曾相識，像2020年12月英國宣布alpha之後全世界幾乎都對英國禁航。但在這株病毒的擴散範圍，還有詳細特性被釐清之前，各國採取比較謹慎的措施，我認為是合理的。隨著各國Omicron疫情高峰已過，相信國際交流會重啟。

此外，這次觀察到Omicron潛伏期較短，各國也紛紛縮短密切接觸者的隔離檢疫期。比方日本就在1月28日決定，為維持社會經濟活動運作，目前要求密切接觸者必須隔離10天的規定，將進一步縮短到7天。為統一政策，入境人士隔離期間也一併從10天縮短到7天。

8.現有PCR可以偵測Omicron變種株嗎？
目前的PCR是可以檢測出此變異株的，沒有漏掉的問題。南非的幾個實驗室反應主要會檢驗的三段基因中，其中的S基因會檢測不到Omicron（稱之為 S gene dropout或 S gene target failure，SGTF），這可以在完整定序之前較快速的辨識出這大概是Omicron。

Omicron有許多亞變種，主要有BA.1~4。在全球所有新冠病例中，BA.1目前占了98%。在高雄造成本土感染的是BA.2，在棘蛋白上沒有69-70 deletion，因此沒有辦法簡單由SGTF這樣來偵測，一定要定序。請不要誤會為PCR篩檢驗不到妹妹，不是這樣的。但台灣沒有這個問題，我們測PCR並沒有採取S單白基因，因為病毒一變化可能就會偵測不到造成困擾。羅一鈞說，國內目前都是用基因定序，不會有驗不到的問題。

9.台灣的防疫需要做什麼改變？
現階段維持目前阻絕疫情於境外的策略，能清零就清零。但如果已經進入社區較大量感染，就進入減害階段，指揮中心會根據最新資訊隨時滾動式調整的。而民眾，做的事情都一樣。出外戴口罩，勤洗手，盡可能保持社交距離。能打疫苗的，連第一針都還沒打的，第二針還沒打的，快點去打。第二劑滿12週就可以打第三劑加強針了！

結語： Omicron似乎是個弱化的新冠病毒，但還沒弱到徹底，絕不能把它當成感冒輕忽。但也不需要恐慌，這兩種態度都不對。對國家公衛來說它傳染力實在太強，要如臨大敵的避免醫療系統崩壞，但對你個人而言，這病毒已經較弱化，你打過疫苗後還是有一定防重症的保護力，現在和去年五月已經很不一樣了！敵人改變了，我們也有所準備了。就算真的染疫，那就是隔離不要傳給別人，特別不要傳給年紀大還沒打疫苗的長者，你有很大機率能輕症度過。我建議防疫心態可以輕鬆，但防疫作為不能放鬆。真的不需要恐慌，穩穩地一步步走下去。

英國變種病毒Alpha的部分請見：英國新冠變種病毒傳染力增加70％英國進入第四級封鎖新冠疫苗還有效嗎？
印度變種病毒Delta的部分請見：Delta變種病毒懶人包傳染力重症疫苗有效性打一劑有用嗎會專門攻擊兒童青少年嗎？

2021.11.26 可能被命名為Nu的B.1.1.529新變異株
2021.11.27 WHO將B.1.1.529界定為高關注變異株命名為Omicron
2021.12.2 羅副在疫情記者會關於Omicron的更新
2021.12.8 WHO在12月7日更新對於Omicron的了解
2021.12.8 Omicron的確讓中和抗體有顯著下降但並沒有達到完全的免疫逃逸（應該算好消息？）
2021.12.11 兩劑AZ對Omicron幾乎無法防有症狀感染但打上BNT加強針後可達到71%的保護力

本集podcast錄音於11月26日7PM，之後WHO開會決定將B.1.1.529界定為高關注變異株（Variants of Concern, VOC），命名為Omicron。

Podcast連結：https://linshibi.pros.is/3t9zel
YT連結：https://youtu.be/_ahY36XmpEQ

英國每日Omicron案例報告
南非疫情資訊網站：https://sacoronavirus.co.za/
南非NICD關於Omicron的常見問答
中央社：新變種病毒Omicron可怕嗎？你該知道的8件事
忽那賢志醫師的整理：
南アフリカから見つかった新規変異株「オミクロン株」現時点で分かっていること
 オミクロン株による市中感染例の拡大に備えて、私たちにできることは？

2021.12.11 兩劑AZ對Omicron幾乎無法防有症狀感染但打上BNT加強針後可達到71%的保護力

英國衛生安全局（UKHSA）新報告出爐。

英國Omicron已進入社區感染，也初步對疫苗有效性，傳染力等等做出預估。我先寫真實世界的保護力，晚點再補上其他部分。

1.這份報告是基於英國260例Omicron定序確診案例，還有部分S基因測不到預設其為Omicron來做出的分析，總共581例都是有症狀的。因此樣本數還很少，可以看到圖上的信賴區間都拉的滿寬的。且還有些很難控制的變因，因此只是很初步的估計。隨著樣本數增加，我們會更接近真相。

從2020年10月16日到2021年12月6日之間的56439例有症狀Delta確診，還有有症狀但沒有新冠的對照組130867人，比較施打疫苗的狀態，從而來算出疫苗對於兩種病毒的保護力。

2.這些案例排除了有國外旅遊史的人。因為有旅遊史者明顯有較高的機率染疫，會影響疫苗效力的估計。

3.初步估計，針對Omicron兩劑疫苗防有症狀感染的保護力，AZAZ從打完15週後有資料，但都是跨過0%。有正有負，這表示其幾乎沒有保護力。

打完兩劑BNT後2~9週可以有88.0% (95%CI: 65.9 to 95.8%) 的保護力，但在10~14週就掉到48.5% (95%CI: 24.3 to 65.0%) ，而在15~25週左右則會掉到34~37%左右。

4.別難過，在打了BNT加強針之後兩週，三劑BNT組的保護力可以到 75.5% (95%CI: 56.1 to 86.3%) ，而AZAZBNT可以到71%(95%CI: 41.8 to 86.0%)。（好像還是沒辦法多高興….信賴區間非常的寬，表示非常不確定）

5.以上資料其實也和這幾日發表的實驗室血清中和抗體研究吻合。根據三個國際的還有兩個英國自己的活病毒研究（尚未發表），兩劑BNT疫苗後中和抗體可下降約20~40倍。兩劑AZ疫苗下降的倍數則更多，甚至根本無法中和Omicron病毒。好消息是，打了第三劑BNT之後，都還是可以達到一定的中和效果。

6.好啦，還是來看看Delta的資料。第三針後針對Delta，保護力都可到93％左右。即使前面是AZAZ 也是哦。

針對Delta兩劑疫苗防有症狀感染的保護力，打完兩劑AZ後2~9週可以有76.2% (95%CI: 63.7 to 84.4%) 的保護力，但會逐步下降，在25週會掉到41.8% (95%CI: 39.4-44.1%)。打了BNT加強針後兩週可以回到 93.8% (95%CI: 93.2-94.3%) 。

打完兩劑BNT後2~9週可以有88.2% (95%CI: 86.7 to 89.5%) 的保護力，但會逐步下降，在25週會掉到63.5% (95%CI: 61.4 to 65.5%) 。打了BNT加強針後兩週可以回到92.6% (95%CI: 92.0-93.1%) 。

7.傳染力方面，有越來越多證據顯示Omicron相較於Delta有競爭優勢，家戶內傳染力，也就是一個人確診傳給家人的機率，Omicron比Delta高了3.2倍（95% CI 2.0-5.0）。與確診者密切接觸後的染疫機率，Omicron比Delta高了2.09倍(95% CI: 1.54-2.79)。8.以S-gene target failure (SGTF)來看，Omicron在英格蘭地區的成長速度遠快於Delta，大約每2.5~3天就會倍增，預估到12月中，感染Omicron的病例可能就將占新增確診者的一半。因應此情況，英國首相強生於8日晚間宣布將啟動Plan B防疫計畫，措施包括擴大必須戴口罩場所之範圍，建議盡可能居家工作，以及要求夜店與擁擠室內空間等場所客人應出示疫苗接種證明等。

04b解讀：

1.做個簡單結論，Omicron似乎如科學家預期，的確有到目前為止對現有疫苗或是之前的自然感染最嚴重的免疫逃逸。雖然施打第三針兩週後可以有70~75%的保護力，但老問題是，能持續多久？目前是沒答案的。

2.這是針對有症狀感染的保護力，而不是防重症。英國目前沒有一例Omicron演變為重症或死亡，因此目前沒辦法估算出疫苗對重症的保護力。但要下結論說Omicron幾乎不會重症或是較不容易重症，也還太早了。因為目前在英國年長者染疫的人數還很少，且染疫者病程還在走。發病到重症大概需要7~10天的時間。

3.如果接下來觀察Omicron如很多人的希望，還真的不太會重症，已經變成幾乎都是輕症的病毒的話，那可能是不需要為了他再繼續打疫苗下去。但如果後續發現他還是有一定重症的比例，那很可能現有疫苗是不夠好的，須要針對Omicron做一個次世代疫苗。而不管需不需要，各疫苗公司應該都已經啟動了，總要超前佈署。

4.另一個想法是，兩劑現有疫苗應該還是對Omicron重症有一定的保護力。所以是否不需要這樣一直追逐下去？這要看後續的資料出來了。

５.很多人在哀嘆，那我的兩劑AZ，兩劑BNT不是白打了？不會的，你要知道全世界現在流行的大魔王還是Delta，針對Delta來說，第二針有一定的效果，而第三針看起來是須要的。而Omicron第三針也多少有用，因此接下來各國應該是會加速師打第三針的政策。

6.再度強調，這是很初步的估計，目前Omicron的案例尚少，樣本數不夠多。相比於Delta，因為案例數超多，其保護力就比較確定。

7.不禁想感嘆一下，還是要靠英國，這真是好重要的資料！當時針對Alpha和Delta的疫苗有效性，也都是英國的完整資料庫最早估計出來的。如果沒有英國，我們不知道要多久才能等到這些資料…

p.s.感謝網友本科生製圖！

Technical Briefing 31 – Omicron Variant (VOC-21NOV-01)
https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1040076/Technical_Briefing_31.pdf

Updated Omicron Risk Assessment
https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1040064/9_December-2021-risk-assessment-for-SARS_Omicron_VOC-21NOV-01_B.1.1.529.pdf

Effectiveness of COVID-19 vaccines against the Omicron (B.1.1.529) variant of concern
https://khub.net/documents/135939561/430986542/Effectiveness+of+COVID-19+vaccines+against+Omicron+variant+of+concern.pdf/f423c9f4-91cb-0274-c8c5-70e8fad50074

2021.12.8 Omicron的確讓中和抗體有顯著下降但並沒有達到完全的免疫逃逸（應該算好消息？）

南非和瑞典的研究團隊各自發表了很初步的針對Omicron變種病毒的初步中和抗體研究。寫在前面，這人數都不多，且都是初步的資料，解讀要很小心。

1.南非研究僅有12個人，都是打完第二劑BNT疫苗者一個月內的血清，其中有6個人之前有自然感染過。在實驗室測試是否血清可以中和活病毒。

2.相比於原始株，中和抗體平均有41.4倍的下降。

3.之前打過兩劑疫苗+自然感染者中和抗體則明顯較高，6個有5個還是可中和Omicron。

4.瑞典的研究則是用假病毒，取17個捐血者(BD)還有17個之前感染過的醫護人員(HW)，他們血清中都對原本武漢株有高的中和抗體，來看Omicron的中和抗體下降程度。

5.結果發現個別差異很大，中和抗體從1~23倍的下降都有。但幾乎所有血清都還是可以中和Omicron。

6.平均是下降7倍，好像比想像中好。

04b解讀：

1.南非當地用真病毒來做，瑞典還沒拿到所以是用假病毒做。但一路以來用真假病毒做其實結果都還算吻合。

2.為何兩個研究差異這麼大，可能有許多原因，瑞典研究沒有清楚交代抽血的時間點，之前打過什麼疫苗，還有之前有沒有過自然感染。另外這些試驗人數都不多，個別差異可能很大，還是要累積更多數據才能下確切結論。

3.南非研究顯示暴露過三次抗原者（一次自然感染，兩次BNT）對Omicron中和抗體較高。因此可能可以推論，加強針打下去應該也是對Omicron有幫助。我相信輝瑞很快也會有打完加強針的血清來測試的結果，因為他們才剛做完萬人的加強針臨床試驗。

4.雖然這兩個研究一個降41倍一個降7倍，但多半血清都還是可以中和Omicron，並沒有達到完全失效。我想初步來說這還算是個好消息。

5.之前各種變種病毒：Delta中和抗體大概是降7倍左右，Beta大概是10倍左右。這個倍數給大家參考。41倍看上去真的是滿嚇人的，如果這是真的，應該會嚴重影響到疫苗或自然感染對於有症狀感染的保護力。但是否可以防重症，我想有很大的機會還是會有用的。

接下來的一兩週，類似這樣的中和抗體研究應該會如雨後春筍一樣出來，讓我們繼續看下去吧。

南非：SARS-CoV-2 Omicron has extensive but incomplete escape of Pfizer BNT162b2 elicited neutralization and requires ACE2 for infection
瑞典：https://twitter.com/benjmurrell/status/1468341478363746310?s=21
德國：https://twitter.com/CiesekSandra/status/1468465347519041539

2021.12.8 WHO在12月7日更新對於Omicron的了解
https://www.who.int/publications/m/item/weekly-epidemiological-update-on-covid-19—7-december-2021

流行病學
在南非從11月第二週開始確診就有上升，11月29日到12月5日通報了62021例，比前一週增加了111%。檢測陽性率也從1.2%增加到22.4%。
從11月中開始主要在豪登省開始的群聚主要是在大學學生之間。

而鄰近的非洲國家也有疫情上升的情形：包括史瓦帝尼 (1990%); 辛巴威 (1361%); 莫三比克 (1207%), 納米比亞 (681%)和賴索托 (219%).
這些國家的疫苗完整覆蓋率皆很低，從納米比亞的12.1%到賴索托的26.7%。南非自己則是25.2%。

目前不確定疫情上升的原因，這可能和變種病毒的散布，增加檢測量，放鬆公衛措施還有疫苗覆蓋率低都有關。非洲外，在某些其他國家也有報告到上百例的Omicron案例。目前已經在57個國家都有確認案例，但多半地域主要流行的還是Delta，目前還很難對於Omicron會不會影響全球的新冠流行病學做出確切結論。

傳染力
雖然似乎有證據表明Omicron可能比其他變種具有生長優勢，但尚不清楚這是否會轉化為傳染力增加。歐洲疾病預防控制中心以模型預測，如果目前1%的感染是由Omicron引起的，若他有Delta 2.2倍的傳染力，可能到2022年1月1日他會佔新增感染的50%以上。若有Delta 1.3倍的傳染力，則需要到2022年3月1日。

目前有許多正在或計劃進行的流行病學研究，包括詳細的群突發調查、接觸者追踪和家庭傳播研究，將有助於增加我們對其傳染力的理解。

疾病嚴重程度
目前僅有極有限的資料，這使得評估疾病嚴重程度的是否有變化非常有挑戰性。截至12月6日，在 18 個歐盟國家確認且有嚴重程度的所有212例確診病例皆是無症狀或輕症。

而南非本週因新冠住院的人數增加了82%（從 502 人增加到 912 人），但目前不確定Omicron的比例。即使疾病嚴重程度相同或低於Delta，如果更多人被感染，預計住院人數會增加。並且在病例發生率增加和死亡人數增加之間是存在存在時間差的。

對於Omicron的臨床狀況還需要更多資訊，WHO鼓勵各國為住院患者數據的收集和共享做出貢獻。

再感染的風險
南非當地已經自然感染者大概佔60~80%，成人完整疫苗注射則僅有35%。初步發現自然感染針對Omicorn保護力降低可以再感染，因此在南非還是可以造成流行。接下來應該繼續研究打疫苗者突破感染的機率，還有雖然再次感染是否會比較不容易重症。

對疫苗的影響
需要更多資料。進行中的研究包括對先前接種過疫苗或感染過的人的中和抗體研究，以及疫苗有效性研究，將有助於增加我們對免疫逃逸的理解。

對診斷工具的影響
針對PCR，S-gene target failure (SGTF)可以做為疑似Omicron的指標。但還是需要定序確認，因為Alpha還有一部份的Gamma還有Delta也有可能有此現象。

針對抗原快篩，因為多半是偵測N蛋白的構造，初步評估不會受影響。

對治療的影響
Interleukin-6 Receptor Blockers 和類固醇應該是會有效的。其他還需要更多資料。

結論
對於Omicron很多還是未知的，接下來幾週應該更多資訊會出來。

2021.12.2 羅副今天在疫情記者會關於Omicron的說明：
1.截至12月1日全球累計至少27國、共有370例確診感染Omicron變異株，多來自南非或非洲國家旅遊史。以色列報了英國旅遊史的，日本報了祕魯，但各有大型聚會或轉機史。另外英國，葡萄牙，德國，義大利有報告社區病例無相關旅遊史者。這些案例都還在疫調中。

2.根據南非官方12月1日公布的監測結果，上半年疫情以Beta變異株為主，近半年則是最早在印度發現的Delta變異株。目前是第四波。

3.南非回溯病毒檢體，10月時Delta還佔79%，最早在11月8日就驗出Omicron，卻在1個月內豬羊變色，超過原本主要Delta變異株，占11月病毒定序個案的74％，已取代Delta成為主要流行病毒株。

4.南非目前11月定序完成的183例確診個案中，以Omicron為主。但以所有確診數來看，相對還是少，定序還需要加把勁，目前確診數跟病例數都呈現快速上升趨勢。至於重症與死亡是否會增加，仍待未來進一步分析。

5.南非目前追溯最早在11月8日檢出Omicron，但依據奈及利亞公布的資訊，經回溯檢驗，早在10月的病毒檢體就檢出Omicron。

6.南非還提到Omicron除了棘蛋白外的病毒特徵：
RNA依賴性RNA聚合酶基因（RdRp）上沒有G671S位點突變，這在部分Delta變異株若有此突變，染疫者通常病毒量高；因此推估相較於Delta，感染Omicron的病毒量有可能較低。

N蛋白基因上沒有發現可影響快篩試劑的突變：現有抗原快篩試劑應可保持準確性。

7.目前歐盟國家報告的59例Omicron個案，尚無重症或死病例，呼應先前南非某些醫師很初步的觀察結果，也許重症情形不如想像高？但仍待更多病例觀察。

羅一鈞最後強調，Omicron傳染力增加的幅度，對疫苗保護力的影響，以及重症的比例是否改變，仍有待進一步觀察研究。

p.s. 昨天有媒體報導以色列媒體報導BNT疫苗對於Omicron的保護力，傳染力大概高幾倍云云。那並不是以色列官方的資料！且就算要有資料也應該是南非先有資料，不會是出自以色列的。大量案例都在南非呀！請繼續緊盯南非的消息，羅副會幫大家更新的。

2021.11.28 整理一下各疫苗廠的動作：
1.生產BNT疫苗的德國BioNTech公司已立即在實驗室進行調查，測試原有疫苗對新病毒株的防護力，最遲2週內會有結果。BioNTech強調幾個月前就已經與合作夥伴美國輝瑞藥廠做好準備，如果實驗結果顯示新病毒株是「逃逸變異株」，而且在全世界散播開來，導致疫苗有必要調整，預計6週內可完成。調整過的疫苗在100天內就可以開始交貨。

2.美國莫德納藥廠指出，若現有打50微克的加強針對Omicron效用不夠，有三個未來的策略：
a.莫德納已經進行了用100微克來當加強針的臨床試驗，收案306人。初步資料顯示可以有更高的中和抗體。會以這些受試者血清來進行是否對於Omicron有更好的效果。

b.莫德納以研發了兩款多價疫苗，都有針對之前變異株的突變，是Omicron也有的。一個是mRNA-1273.211，是之前針對Beta變異株所做的，已經完成了 50微克 (300人) and 100微克(584人)的收案。第二個是mRNA-1273.213，包括了多個Beta和Delta變異株的突變，已經完成了100微克(584人)的收案，也準備以 50微克再收584人。會以多價疫苗來打加強針，看看是否對於Omicron有更好的效果。

c.莫德納會做出針對Omicron的疫苗：mRNA-1273.529，可以在60~90天之內就開始臨床試驗。

3.高端也發了聲明稿：
a.建構Omicron偽病毒，以評估現有疫苗的中和抗體效價
Omicron有著比其他變異株更多的棘蛋白變異，但目前WHO仍將之定義為VOC高度關注變異株，而非完全免疫脫逃的VOHC高衝擊變異株。Omicron與Alpha、Beta及Delta三種變異株相似，除了同樣有Alpha株及Beta株的強傳染力突變位點，也有在Beta株及Delta株看到的躲避抗體突變位點，現階段Omicron對現有疫苗效價的影響範圍尚未明朗，因此亟需盡速評估其有效性。高端疫苗除了根據先前針對Alpha、Beta及Delta變異株的中和效果數據外，同時已針對Omicron變異株的基因序列，建立Omicron偽病毒（Pseudovirus）系統，以評估現有高端新冠肺炎疫苗對Omicron的中和抗體效價。

b.評估高端疫苗第三劑追加施打的免疫生成性，及疫苗混打評估
目前全球已上市的新冠疫苗，皆已展開第三劑追加免疫的評估，以藉由高劑量或第三劑疫苗誘導更高的免疫反應，提升中和抗體濃度以對抗Omicron這種高突變變異株。高端疫苗先前對抗變異株的動物試驗數據已在國際知名期刊《臨床感染疾病，CID》公開，對不同的變異株皆具有良好的抗體中和效果，且疫苗高劑量組臨床試驗，及追加施打第三劑的延伸試驗皆進行中，此外，包含兩劑AZ疫苗與第三針混打高端疫苗的試驗結果也已在進行數據分析；期望能以優異的免疫生成性對抗變種病毒。

c.WHO團結試驗評估疫苗對變異株的保護力數據
高端疫苗參加WHO團結試驗，受試者族群橫跨美、亞、非三大洲，目前Omicron變異株的流行地區也在收案範疇中。倘若該病毒於團結試驗位於非洲之臨床試驗點流行，將可以評估現有疫苗對抗Omicron變異株之保護力等實證資料。

d.針對Omicron基因序列建立疫苗抗原
針對現有的高關注度變異株，高端疫苗已經針對高傳染力且免疫脫逃程度較高的Beta株建立疫苗抗原，並進入生產測試。對於新種突變Omicron變異株，目前雖尚無強烈證據顯示Omicron的免疫脫逃程度，但高端疫苗已同步開始進行基因序列評估，並開始進行抗原建立之測試工作，以利在最短的時間內啟動Omicron株抗原的量產準備。

莫德納應對Omicron的策略
Moderna Announces Strategy to Address Omicron (B.1.1.529) SARS-CoV-2 Variant

各疫苗公司動作
Vaccine makers move quickly against new omicron Covid variant, testing already under way

高端疫苗針對新冠病毒Omicron變異株之因應方案

2021.11.27 WHO將B.1.1.529界定為高關注變異株命名為Omicron
不是Nu，是Omicron。跳了兩個字母。

WHO於11月26日開會決定將B.1.1.529界定為高關注變異株（Variants of Concern, VOC），命名為Omicron。這是第五株VOC，加入了Alpha、Beta、Gamma和Delta變異株的行列。

初步證據顯示，和其他高關注變異株相比，這種變異株引發再次感染的機率增高了，在南非幾乎全部省份都發現Omicron的增加。

目前的PCR是可以檢測出這種變異株的，幾個實驗室反應主要會檢驗的三段基因中，其中的Ｓ基因會檢測不到Omicron（稱之為 S gene dropout或 S gene target failure），這可以在完整定序之前較快速的辨識出這大概是Omicron。以這種方式，發現Omicron案例增長速度極快，相比於其他病毒很可能有競爭優勢。

根據以上證據，已經符合了VOC其中一個定義：新冠的流行病學上產生了不利的改變（a detrimental change in COVID-19 epidemiology）。

用詞是這樣用的，但我真心希望這個改變不一定是＂不利＂，也許雖然變得比較有傳染力，但疾病的嚴重度若是會變輕的話，這反而是這個病毒往輕症化的方向走呀。

WHO表示，可能需數週時間完成對Omicron研究，以查明在傳染、嚴重性，以及對疫苗、檢測和治療上是否帶來任何改變。

別問我為何要跳過Nu和Xi，我不知道….

Classification of Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern
https://www.who.int/news/item/26-11-2021-classification-of-omicron-(b.1.1.529)-sars-cov-2-variant-of-concern

2021.11.26 可能被命名為Nu的B.1.1.529新變異株

好的，又來了一個變種病毒魔王。不過這次好像不是狼來了….來看看目前的資訊吧。

1.此變異株在11月22日上傳到GISAID資料庫，最早在非洲波札那被發現，截至目前全球僅零星個案，之前的數字是僅在3國驗出10例，包括一個從南非到香港的境外移入。但在南非約翰尼斯堡所在的豪登省看來案例正在增多。豪登省11月案例疫情有升溫，特別是在學校和年輕人。南非研究團隊在25日的記者會表示。從12日到20日在豪登省蒐集的77例病毒定序，全部都是B.1.1.529。病毒定序還在持續進行中。

2.此病毒在S蛋白上有高達32個突變，比Delta多了一倍。且許多突變是在Delta和Alpha上已經證實和免疫逃逸或是傳染力增加相關的（包括Alpha的N501Y，Alpha和Delta的P681位點，Beta的K417N，E484位點等等）。英國以快速將之定為Variant under Investigation，值得關注的變異株。且為了預防病毒傳播，已經將南非等六個非洲國家列入高風險地區，暫停多個非洲國入境英國的航班。

3.英國有專家指出，這可能是我們見過最糟的變異株。（worst we’ve seen so far）

4.目前對於此變異株是否會真的有較高的傳染力，是否容易重症，是否疫苗會失效，都還沒有定論。還需要更多研究。

5.WHO 流行病學家范科霍芙 (Maria Van Kerkhove) 週四表示：「我們對該病毒還不是很了解，目前所知道的是這個變異株有大量的突變。而且令人擔憂的是，當如此多的突變時，它可能會對病毒的行為產生影響。我們已排定週五召開特別會議，討論對疫苗和治療產生的影響。」